餐巾纸和卫生纸有着根本的区别，二者的生产工艺、制定的质量和卫生标准都不一样，不能互相替代。餐巾纸是有严格的消毒要求的，而且是用原生纸浆做的，卫生纸基本上是用再生纸浆做的，所以大家在用卫生纸擦嘴时，会有纸屑掉下来，这就是因为用再生纸做的原因。因此，顾客在用餐时，最好不要使用这种低劣的卫生纸。
面巾纸和卫生纸在品质上主要区别在于：面巾纸一般具有湿韧强度（一种代表纸张在完全润湿状态下的韧性指标）。卫生纸则一般不允许具有湿韧性，以防止在使用后纸张不易分解而堵塞卫生化粪池。
卫生纸主要针对在卫生间如厕后清洁使用，而其他用来清洁脸、手等人体部位均使用面巾纸，故较重视触感。
据了解，餐巾纸按国家标准叫纸巾纸，包括面巾纸、湿巾等，而皱纹卫生纸则是普通生活用纸，不能在就餐时使用。《中华人民共和国轻工行业标准》对纸巾纸和皱纹卫生纸在原料、卫生标准、质量标准上分别有不同的标准。比如，纸巾纸的生产车间根据要求，必须按一次性卫生用品标准进行消毒、隔离生产，而卫生纸生产车间并没有特殊要求；纸巾纸必须有独立的最小包装，以保证其从出厂到使用始终保持与外界的卫生隔离状态，而卫生纸一般可使用大包装；卫生纸只限定总体细菌总数，而纸巾纸则细化到限定每一种细菌数量。一般来说，较好的餐巾纸或面巾纸所用的纸浆都比较好，不会用回收纸来重复加工，卫生要求比较高；而卫生纸则多是用回收纸加工的，卫生程度比较差。
